（一）首先要从预算环节着手,把好预算关。预算管理是管理会计的方法之一。其主要功能就是通过事前的预测对未来有个相对清晰的认识,并以此发挥控制作用。对于专项资金,就是将“钱用在刀刃上”,避免不必要的浪费。有的单位没有专项资金使用的正式详细的费用预算以及结算,仅仅是在项目完成后由财务人员加总项目总支出。如果能够通过费用预算进行专项资金支出控制,并且对资金使用结余或者超支的原因进行进一步分析的话,更有利于专项资金的有效使用。另外,还应该考虑全国地区之间经济发展的不平衡,对于经济落后地区要加大扶持力度,减少配套资金给地方政府带来的压力,增加专项资金的投入,还要尽可能减少资金的拨付环节和资金的拨付时间,确保专项工作顺利进行。
（二）要强化使用专项资金的各项规章制度,加强主管领导及财务人员的专项工作内容学习,提高财会人员使用专项资金的能力。通过学习在思想上提高认识,对待专项资金的使用一定要坚持专款专用的原则,不允许挤占挪用,截留,否则将以严重违反财经记律论处。提高行政事业单位对财务人员的重视程度。让单位财务人员在专项资金的管理中不只是承担会计核算和资金支付等服务性工作,还要经常与业务人员一起学习,沟通交流,了解具体业务和决策情况,要把财务会计人员对各活动的事前和事中的辅助控制作用体现出来。建立健全各种规章制度,并对项目所需物资采取政府集中采购的办法。结算时,通过银行转账结算以及公务卡结算方式,避免支付大额现金,以防止资金浪费和采购中的不正常交易
（三）单位财务部门可将专项资金使用情况的综合评价和跟踪问效意识及相应绩效评价机制相结合,以便于对专项资金进行管理。
对于所属部门上报的各类专项资金更多地只从数字上简单汇总,而没有从财务角度加以分析和利用,特别是缺乏对专项资金使用情况的综合评价以及相关同类专项使用确定标准的归纳的了解。项目单位应根据项目合同建立绩效管理目标,制定管理流程、设计管理方案,进行综合绩效管理评价。专项资金绩效评价有赖于专项资金核算提供的会计信息,而实施绩效评价又能促进专项资金进行规范核算。进行综合评价,可以规范资金使用范围和标准,判断资金使用效率。通过建立财政专项资金效绩评价分析制度,对提高预算编制科学性和合理性,优化资金结构,规范会计核算,强化监督管理都将起到积极的作用。
（四）强化各种针对专项资金使用情况的监察、监督作用,加大惩处力度,进行责任追究。采取多种形式相结合的方式加大监督的力度。1 、是发挥各单位内部审计内部监督的作用。2 、是让主管部门、国家审计机关和社会审计机构发挥监督作用;3、是发挥纪检监察机关监督和群众举报监督的作用。首先要加强上级对下级履行监管职责进行纵向的检查和监督。再组织财政等相关部门单位对资金、项目进行横向的检查和监督。最后,有必要的还要通过纪检监察机关对专项资金使用的全过程开展经常性的执法监察。通过监督检查,对在管理和使用专项资金中出现的违法违纪问题进行及时查处。
要堵住专项资金管理和使用过程中的漏洞,把有限的专项资金真正用到生产、建设项目中去,科学性的考核与评价以及必要的管理措施,使资金的经济效益最大化,有效提高地区的整体科技水平,推动产业优化和区域经济的可持续发展。因此,我们必须管理好、使用好专项资金。
